Das Klima reicht vom Kontinentalklima mit kalten Wintern und heißen, trockenen Sommern in zentralen Hochland, über alpines Hochgebirgsklima im Hindukusch bis hin zu suptropischen Klima im Osten und Südosten.

Es regnet vor allem im Winter und im subtropischen Sommermonsun beinflussten Osten; in den Wüstenregionen jährlich weniger als 100mm, hingegen in den Hochgebirgen teilweise über 1200mm.