Ca. im 9. Jh. wanderten die Bhotia aus Tibet ein. Zu dieser Zeit begann auch die buddhistische Missionierung des Landes. Bis zum 17. Jahrhundert kam es zu keiner staatlichen Einigung, da sich die unabhängigen Fürstentümer immer wieder auf Grund von Machtstreitigkeiten rivalisierten. Im 17. Jahrhundert gelang es dem Tibeter Lama Ngawang Namygal die zerstrittenen Fürstentümer zusammen zu schließen. Er führte das theokratische Regierungssystem Tibets ein. Ende des 19. Jh. übernahm der Fürst Ugyen Wangchuk die Macht; er profitierte von der wachsenden Selbständigkeit und Macht der Fürsten durch Trennung von Staat und Kirche.

Im 18. und 19. Jh. hatten die Briten ihre Kolonialbestrebungen auf Bhutan ausgedeht. Sie konnten sich zwar militärisch durchsetzen, jedoch blieb ihr Einfluss weiterhin gering. 1907 rief Wangchuk die Monarchie aus. Er regierte als König bis zu seinem Tode 1926, es folgte sein Sohn (bis 1952). 1910 unterstellte Bhutan sich dem Protektorat Britisch-Indiens, behielt aber seine innere Autonomie.

1949 übernahm Indien als Nachfolger Großbritanniens die Außenvertretung des Landes. Erst der Enkel des ersten Königs, Jingme Dorjí Wangchuk (1952-1972) modernisierte das Staatssystem zu einer Konstitutionellen Monarchie, berief Nationalversammlung und Königlichen Rat ein.

1956 wurde die Leibeigenschaft abgeschafft und eine Landreform eingeleitet. 1972 trat Jigme Singhye Wangchuk die Herrschaft an. 1980 wurde ein Grenzvertrag zwischen China und Bhutan abgeschlossen, da es immer wieder zu Auseinandersetzungen zwischen den Ländern kam: China hatte auf Grund früherer Besetzung immer noch Gebietsansprüche in Nordbhutan.Nur langsam öffnet sich das Land außen- und handelspolitisch.