Die drei Klimazonen Hochgebirgsklima, gemäßigtes Klima und subtropisches Klima (von Norden nach Süden) durchziehen das Land. In den Hochlagen fallen die Niederschläge meißt als Schnee, die Täler im Norden sind wesentlich trockener (bis zu 700 mm). In Zentralbhutan gibt es bis zu 1.000 mm Niederschlag jährlich und im feucht-heißen Süden kann es durch den Monsunregen (Juni-September) zu Niederschlägen bis zu 5.000 mm im Jahr kommen.

In Zentralbhutan liegen die Durchschnittstemperaturen im Januar bei 0°C und im Juli bei 15°C, im Süden schwanken die Temperaturen zwischen 17°C im Winter und 28°C im Sommer.