Ursprünglich lebte in der Region das Pygmäenvolk der Twa - sie wurden im 14. Jh. vom Bantu-Volk der Hutu vertrieben. Im 15. Jahrhundert mussten sie sich den kriegerischen Tutsi unterwerfen. Im Zuge der Kolonialisierung wurde im deutsch-britischen Vertrag von 1890 Burundi an Deutsch-Ostafrika gegliedert. 1919 kam es zusammen mit Ruanda als Ruanda-Urundi zum Völkerbundsmandat unter belgische Herrschaft (ab 1946 UN-Treuhandgebiet).

Nach dem zweiten Weltkrieg begannen erneut die innenpolitischen Unruhen, auf Grund starker ethnischer und machtpolitischer Gegensätze zwischen Tutsi und Hutu (die bis heute andauern). 1960 leitete Belgien wegen der zunehmenden politschen Auseinandersetzungen die Entkolonisierung ein, 1962 wurde Burundi unabhängig, Ruanda ein selbständiger Staat. 1966 wurde die konstitutionelle Monarchie durch die Ausrufung der Republik abgelöst. Immer wieder kam es zu grausamen Massakern: den Bürgerkriegen von 1972/73 und 1988 fielen tausende Hutu durch die Tutsi zum Opfer.

Zahlreiche Putschversuche und Staatsstreiche verhindern seit der Unabhängigkeit Burundis die innere Stabilität und eine Annäherung zwischen den ethnischen Gruppen. Seit Anfang der 1990er befindet sich das Land wieder im Bürgerkrieg und forderte bisher schätzungsweise 200 000 Tote. Eine Lösung des Konflikts ist nicht absehbar.