Das Land ist vulkanischen Ursprungs und daher mit Gebirgen und Hügeln überzogen. Die Küstengebirgskette ist von teils noch aktiven Vulkanen geprägt - höchster Vulkan ist mit 2.385 m der Santa Ana. Im Nordwesten des Landes erstreckt sich ein Teil der Gebirgskette El Pital, deren Hochgebirgebenen bis in den Nordosten des Landes reichen. El Salvador wird aufgrund seine tektonischen Lage immer wieder von Erdbeben heimgesucht.