Der Regenwald mit wertvollen Holzarten ist bis auf höheren Lagen zurückgedrängt. Heute herrschen auf den Komoren Savannen vor. In flacheren Gebieten wachsen Kokospalmen, Bananen und Mangobäume. Die Küsten werden von Mangrovegewächsen gesäumt. Die Tierwelt auf dem Festland ist recht artenarm, nur seltene Vögel, Schildkröten und der Mongozmaki -ein Halbaffe - sind hier anzutreffen. Im Gegensatz dazu ist die Wassertierwelt äußerst artenreich. Besonders erwähnenswert ist der seltene Quastenflosser, der bis Anfang des letzten Jahrhunderts nur als Fossil bekannt war.