Im 16. Jahrhundert wurden die Inseln von Arabern und Persern besiedelt, sie gründeten Sultanate und drängten die Urbevölkerung ins Landesinnere zurück. 1886 übernahmen die Franzosen die Schutzherrschaft über die Inseln, 1909 wurden die Komoren französische Kolonie, 1946 erhielt die Kolonie den Status eines Überseeterritoriums. 1975 erklärten die Komoren einseitig ihre Unabhängigkeit (ohne die Insel Mayotte). 1978 wurde durch Volksabstimmung eine neue Verfassung der „Islamischen Bundesrepublik der Komoren” ausgerufen, Staatspräsident wurde A. A. Abderemane. 1989 bei einem Putschversuch ermordet, wurde S. M. Djohar sein Nachfolger. 1996 wurde M. T. Abdulkarim zum Präsidenten gewählt, die Bevölkerung stimmte in einem Referendum für eine neue Verfassung. Die Unzufriedenheit mit der Regierung führten 1997 zur Abspaltung der Inseln Mwali und Nzwani. zwar startete die Zentralregierung eine Militärintervention gegen die Separatisten, jedoch scheiterten sie und die Inseln blieben unabhängig. Nach dem Tod M. T. Abdulkarim 1998 wurde T. B. S. Massonde sein Nachfolger. Unter Militärführer A. Assoumani wurde er 1999 gestürzt.