In den flachen, ebenen Gebieten wird Landwirtschaft betrieben. Mit steigender Höhe geht dichte Dorn- und Buschvegetation in Rotbuchenbestände und später Kastanien und Ahorn über. Ab 1.300 m Höhe folgen Nadelwälder mit Tannen und Kiefern, danach Wacholder- und Latschenkiefernbestände und schließlich alpine Matten. Im Einzugsgebiet des Ohridsees im Südwesten des Landes finden sich Zypressen, Walnuss- und Feigenbäume. Am unteren Vadarfluss wächst immergrüner Buschwald. In den abgeschiedenen höheren Gebirgsregionen leben Braunbären, Wölfe, Steinböcke, Mufflons, Luchse und Gemsen. In den Wäldern der flachen Regionen sind Wildschwein, Hirsche, Rehe, Dachse und Marder beheimatet. Der Ohridsee stellt ein wichtiges Vogel- und Fischreservat dar.