Das Klima Makedoniens steht unter mediterranen und kontinentalen Einflüssen und unterliegt großen Temperaturschwankungen. Während im Winter die durchschnittlichen Temperaturen bei 1°C liegen, im Sommer bei 24°C, können auch Maximalwerte von 41°C erreicht werden. In Tiefebenen regnet es nur 550 mm jährlich, doch besonders die Sommer sind extrem trocken. In den Gebirgsregionen fallen jährlich 2.000 mm Niederschlag.