Westmalaysia ist von Norden nach Süden von der Malaiischen Zentralkordillere durchzogen (bis 2.190 m hoch). An den Küsten und in den Gebirgstälern findet sich Sumpflandschaften und Schwemmlandebenen. Auch in Ostmalaysia hat sich in der Küstenregion Schwemmlandschaft ausgebreitet. Nach Süden, an der Landesgrenze zu Indonesien steigt das Gebirge auf über 2.000 m an. Im Nordosten erhebt sich um den Berg Gunong Kinabalu ein 4.000 m hohes Bergland, das zugleich den höchsten Punkt von Südostasien bildet.