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Die Vegetation wechselt zwischen Regen- und Mangrovenwäldern, Busch- und Grassavannen auf den Inseln vulkanischen Ursprungs und Kokos- und Schraubenpalmhainen auf den Koralleninseln und Atollen. Auf der Yap-Inselgruppe wachsen Arecapalmen und Bambus. Fledermäuse sind die einzigen heimischen Säuger. Pferde, Rinder, Ziegen, Hirsche, Schweine und Hunde wurden eingeführt. Jedoch gibt es eine artenreiche Seevogel- und Fischwelt. Vereinzelt finden sich giftige Seeschlangen, Krokodile und Eidechsen. Krabben, Langusten, Austern und Meeresschildkröten sind in den küstennahen Gewässern beheimatet.