Der Osten Nicaraguas ist tropisch-immerfeucht, der Westen tropisch-wechselfeucht. Temperaturschwankungen gibt es kaum, sie liegen zwischen 24 und 28°C im Flachland und zwischen 17 und 22°C in höheren Lagen. Die Regenzeit dauert von Mai bis Oktober. Im Osten können bis zu 6.000 mm Niederschlag pro Jahr fallen, an der gebirgigen Westseite hingegen maximal 2.000 mm, in der Nicaragua-Senke sind es gar nur 1.000 mm. Das Land wird häufig von Erdbeben und Hurrikans heimgesucht.