Tropischer Regenwald säumt die feuchtheiße Küste an der Karibik und das Tiefland von Darién. Über 2.500 m geht er in Nebelwald über. Auf der Pazifikseite dominiert Trockenwald und Savanne. An den sumpfigen Küsten gibt es Mangrovebestände.

Noch ist die Tierwelt vielfältig: Jaguare, Pumas, Ozelote, Affen und Tapire sind hier beheimatet. In den feuchten Gebieten finden sich Krokodile und Alligatoren. Zu den typischen Vogelarten zählen Papageien, Kolibris und Tukane.