Um 1470 entdeckten die Portugiesen die unbewohnten Inseln. Ende des 15. Jahrhunderts besielten sie das Land und holten für die Plantagenarbeit afrikanische sklaven. 1522 wurde São Tomé, 1558 Príncipe Kronkolonie. Im 20. Jahhundert stieg die Kolonie zum weltgrößten Kakaolieferanten auf. 1951 wurden die beiden Inseln zur portugiesischen Überseeprovinz erklärt, 1975 erhielen sie ihre Unabhängigkeit. Die politisch dominierende MLSTP entwickelte sich zur Einheitspartei mit sozialistischen Tendenzen. Erster Staatspräsident wurde M. Pinto da Costa.

1990 begann die Demokratisierung des Landes, erste freie Wahlen fanden statt. Der Oppositionspolitiker M. Trovoada wurde neuer Staatspräsident. 1995 putschte ihn das Militär, jedoch wuchs der ausländische Druck so stark, das er kurz darauf sein Amt wieder übernehmen konnte. In den Präsidentschaftswahlen 1996 wurde er in seinem Amt bestätigt.