Bis vom 1. bis 4. Jh. der gesamte Balkan in das Römische Reich eingegliedert wurde, war es von illyrischen Stämmen besiedelt. Als das Reich zerfiel, ging der größte Teil der Region zum Byzantinischen Reich. Die slawische Besiedlung folgte im 7. Jahrhundert. Im 12. Jh. kam das Gebiet des heutigen Bosniens unter ungarische Herrschaft. 1463 eroberten die Türken Bosnien, 1482 auch Herzegowina.

1580 wurden beide Länder vereint und die Mehrheit der Bevölkerung trat dem Islam bei. Im Zuge des Friedensabkommens nach dem Russisch-Türkischen Krieg stand es ab 1878 unter österreichischer Verwaltung und wurde 1908 von Österreich annektiert. Nach dem Ende des ersten Weltkrieges fiel es unter das Königreich der Serben, Kroaten und Slowenen, 1929 wurde es umbenannt in königreich Jugoslawien. Nachdem es im 2. Weltkrieg kurzzeitig an das Gebiet der Republik Kroatien fiel, wurde es 1946 wurde es Teilrepublik des jugoslawischen Bundesstaates.

1992 trat Bosnien (wie andere Teilrepubliken auch) aus der Förderation aus und die alten Rivalitäten zwischen Serben, Muslimen und Kroaten brachen wieder auf. Erst 1995 kam es zur Unterzeichnung des Friedensabkommens von Dayton (USA), welcher festschreibt, dass Bosnien-Herzegowina als einheitlicher Staat mit 2 Teilrepubliken (moslemisch-kroatische Föderation und Serbische Republik) bestehen bleibt. 1996, 1998 und 2000 fanden Wahlen für die Exekutiven der Teilrepubliken und ein gemeinsames Parlament statt, 1996 und 1998 auch für das dreiköpfige Staatspräsidium. Der Bürgerkrieg hat die gesamte Region stark in Mitleidenschaft gezogen. Noch immer leiden die ethnischen Gruppen an den Folgen des Bürgerkrieges.