Der tropische Regenwald im Tiefland wird mit steigender Höhe von feuchten Höhenwäldern, Kiefernwäldern und Trockensavannen abgelöst. Mangrovewälder säumen die Küsten Honduras. Im Gebirge sind Pumas, Panther, Bären und Leoparden beheimatet. Krokodile, Schlangen, Schildkröten und Echsen finden sich in den Regenwäldern.