Etwa etwa ein Drittel des Landes ist bewaldet, die größten Waldbestände befinden sich im Norden und Südosten Litauens. Typisch sind Kiefern, Fichten und Birken, vereinzelt auch Eschen und Eichen. In den feuchteren Regionen gibt es Auenwälder mit Pappeln und Weiden. Zwar gibt es noch einige Moor- und Sumpfgebiete, jedoch wurden die meißten trockengelegt für Ackerbau und Weideland. Im Tierreich finden sich Elche, Hirsche, Biber, Luchse und Wölfe und auch Sumpfschildkröten. Auch zahlreiche vogelarten, wie Störche, Reiher, Kraniche, Auerhühner und Wasservögel sind hier beheimatet.