Aufgrund seiner großen Nord-Süd-Erstreckung hat Mali Anteil an den (wie schon in Flora Fauna beschrieben) drei Großlandschaften Sahara, Sahelzone und Sudan.

Die wüstenhafte nördliche Landeshälfte ist weitgehend eben (250-300 m über dem Meeresspiegel), wird jedoch im Ostteil von dem Kristallmassiv Adrar des Iforas (bis 835 m) überragt.

Das Staatsgebiet im Süden wird vom malischen Hauptfluß Niger mit breitem Tal durchzogen. Bei Hochwasser ist das sumpf- und seenreiche Becken zwischen Segou und Timbuktu, das sogenannte Nigerbinnendelta der Macina, weithin überflutet. Die Bergzüge des Nigerbogens besitzen im Hombori Tondo (1155 m) die höchste Erhebung des Landes.