Das Tiefland im Osten des Landes wird dominiert von immergrünem Regenwald: Hier wachsen Zedern, Mahagonie, Mandel-, Walnuss-, Guajak- und Eisenholzbäume. Mit steigender Höhe geht der Regenwald erst in Bergwald, später in Mischwald über. Im Norden wurden Kiefernbestände aufgeforstet. Die Karibikküste ist von ausgedehnten Mangrovebeständen und Palmsümpfen gesäumt.

Die Tierwelt ist sehr artenreich: Jaguare, Pumas, Affen, Schildköten, Alligatoren, Papageien, Pelikane und Klapperschlangen haben hier ihre Heimat.